¿Cuáles son las mutaciones que tiene la variante Omicron de covid en proteína S?

Cuando los virus se replican en nuestras células tienen algunos cambios que les permiten que sobrevivan o que mueran.

Omicron es la nueva variante de preocupación | Shutterstock
México /

Omicron es el nombre de la nueva variante de preocupación, por la que la Organización Mundial de la Salud (OMS) recomendó tener algunas medidas ante las características que puede presentar esta nueva variante del SARS-CoV-2, el virus que provoca la enfermedad de covid-19; sin embargo, llamó a no alarmarse y no cerrar fronteras.

Si como algunas personas tú no entiendes qué significa esto, te contamos lo que necesitas saber sobre esta nueva variante y cómo es que esta dependencia puede determinar que sea de preocupación.

El SARS-CoV-2, un tipo de coronavirus, utiliza la proteína Spike o proteína S para entrar a las células, para después tomar la maquinaria de la célula y multiplicarse hasta hacer lisis, es decir el rompimiento o muerte celular, a partir de este momento se desatará una reacción inflamatoria en nuestro organismo mediada por nuestro sistema inmunológico.

Cuando los virus se replican en nuestras células tienen algunos cambios que les permiten que sobrevivan posteriormente o que inclusive tengan cambios que los hagan más resistentes. En México, el grupo de investigadores que se encarga de revisar estas mutaciones es el Consorcio Mexicano de Vigilancia Genómica.

En entrevista con MILENIO, la doctora Blanca Taboada explicó que una de las zonas más importantes de la proteína S que se vigilan frecuentemente es la región de la unión al receptor, mejor conocida como RBD, el sitio de la proteína que permite entrar a la célula.

Las mutaciones de Omicron

 El Consorcio Mexicano de Viligancia Genómica realiza una exploración de esta parte del virus, ya que es el más importante en la únion del receptor de la célula y han encontrado varias mutaciones cuando realizan esta lectura por computadora. 

Jeffrey Barrett, investigador del Wellcome Sanger Institute, enlistó cuáles son las mutaciones que preocupan en Omicron y las dividió por colores para luego explicarlas.

Existen nueve mutaciones observadas en variantes anteriores como la Alfa, Beta, Gamma y la Delta, es decir tiene mutaciones que las anteriores tenían y que las hacían tener características especiales. 

En naranja hay tres mutaciones que probablemente sean cambios biológicos significativos para el virus, pero que no se habían visto anteriormente en ninguna de las variantes de preocupación. 

"Dos de linajes de nivel de VUI que probablemente tenían ventajas modestas sobre el virus original, y E484A que se encuentra en un sitio clave en el dominio de unión al receptor".

Luego siguen las once de color azul, las cuales son vistas raras veces o nunca antes que podrían ser funcionales o simplemente novedosas para el estudio de los investigadores, inclusive puede ser un efecto secundario de cualquier proceso que haya llevado a tantas mutaciones en este linaje. 

En verde está solo D614G, que se ha corregido en todos los SARS-CoV-2 desde principios de 2020.

Finalmente, hay  tonos de morado, es decir mutaciones que son nuevas y que no estaban anteriormente en variantes de preocupación, pero tienen algunos otros datos que sugieren que pueden ser funcionales

"Primero hay un punto caliente de deleción / sustitución / inserción en el dominio N terminal, que puede remodelar aún más la estructura de la proteína allí", dijo en sus redes sociales el investigador. 

Luego hay un grupo de cuatro sustituciones cercanas (3 en el espacio de 5 aminoácidos) que no se han visto antes, pero están tan juntas que el investigador duda de su coincidencia. También están muy cerca del sitio de unión (previamente conservado) de sotrovimab, un anticuerpo terapéutico.

Finalmente, la mutación S477N y Q4985, que fueron predichos en un artículo de evolución experimental para aumentar sustancialmente la unión de ACE2 junto con N501Y, pero solo se ven en la naturaleza por separado o raramente, lo que es una señal de alarma.

bgpa

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