La ciudad ha atravesado por una constante evolución desde su fundación, y con 444 años de historia, la transformación ha evidenciado el gran potencial de sus ciudadanos, poniendo en alto el nombre del municipio.
La presencia española ya había arribado desde 1530, año en que Nuño de Guzmán atravesara el 'Lerma' y lo nombrara como río de 'Nuestra Señora', iniciando con ello una colonización agrícola y ganadera a partir de 1546, situación que dio pauta a una constante guerra contra los chichimecas, quienes se veían invadidos por los nuevos pobladores.
Los 'Chichimecas', grupo indígena que habitaba en la localidad, atacaban continuamente durante los traslados de metales extraídos en el estado de Zacatecas, cuya ruta de transporte hacía la ciudad de México rodeaba los límites de la ciudad, por lo que se requirió una acción pronta por parte del virreinato.
Ante esto, Don Martín Enríquez de Almanza, Virrey de la Nueva España, encomendó al Doctor Don Juan de Orozco establecer un poblado en el 'Valle de Señora' al que se denominaría como 'Villa de León' tras su fundación, misma que se llevó a cabo un 20 de enero de 1576, día de 'San Sebastian', tomando a este como Santo patrono.
"…en los llanos de los chichimecas, en el valle que se dice De señora, hay comodidad para poderse fundar y poblar una ciudad o villa de españoles y de que en la dicha parte se funde y pueble, será de grande utilidad y provecho , para la pacificación de los indios que en los dichos valles andan alzados y rebelados del servicio de su majestad y que se eviten los daños que se hacen, especial en las minas de Guanajuato y Comanja."
Tras la fundación de La 'Villa de León', los indígenas fueron agrupados en dos comunidades cercanas, otomíes en la de San Miguel, purépechas, mexicas y chichimecas pacíficos en la del Coecillo. Llegando a ser reconocidos como pueblos, con el tiempo.
Poco se pudo rescatar de los documentos originales de la fundación, si no hasta aquellos que datan de 1580, año en que se elevó a la entidad a la categoría de 'Alcaldía Mayor' y separándola de Guanajuato, pero en el acervo cuantitativo y cualitativo, se preservan importantes acontecimientos con digna certificación.
León fue elevada a la categoría de Alcaldía Mayor en 1580, y bajo su jurisdicción quedó un amplio territorio que iba desde la sierra de Comanja al río Lerma, comprendiendo actual territorio de San Francisco del Rincón, Purísima de Bustos (Purísima Concepción), Cd. Manuel Doblado (San Pedro Piedra Gorda), Huanímaro, Abasolo, Cuerámaro y Pénjamo.
Tras un largo camino en que los pobladores sufrieran pestes (1643), sequías (1712-1714) y hambrunas (1714, 1786), e inundaciones periódicas, fue hasta 1787, que la alcaldía mayor de León quedó como subdelegación dependiente de la Intendencia de Guanajuato.