En 2019, cuando el presidente Andrés Manuel López Obrador anunció que construiría un proyecto ferroviarios en el sureste del país llamado Tren Maya, se planeaba que conectara todos los puntos importantes de la península de Yucatán; sin embargo, se presentaron varios cambios en el diseño que lo alejan del objetivo.
Estas modificaciones hicieron que la inversión total de la obra aumentara; en 2018, cuando se anunció, se estimó una inyección de 120 mil millones de pesos, pero la última proyección de Rogelio Jiménez Pons, antes de dejar la dirección del Fondo Nacional de Fomento al Turismo (Fonatur), era de 230 mil millones.
Una de las primeras modificaciones fue sobre su plan de que desde Valladolid, Yucatán, fuera a Coba, Quintana Roo, y de ahí a Tulum. Sin embargo, tras llegar a un acuerdo con ICA se acordó que de Valladolid fuera directamente a Cancún, a través de la carretera Kantunil-Cancún, que opera la empresa.
Otra de las modificaciones es que el tren no entre a la ciudad de Mérida, Yucatán, por lo que se irá por la periferia, de esta forma la estación de la ciudad ya no estará en los terrenos de La Plancha, sino en la zona de Teya.
A esta modificación del trazo se sumó que tampoco podrá acceder a la capital de Campeche, de hacerlo se tendría que construir un viaducto de 14 kilómetros, además de reubicar alrededor de 300 personas de la zona.
Fonatur señaló que ahora se edificará un libramiento de menor extensión, aproximadamente 12 kilómetros, para ir por la periferia de la ciudad por donde pasará el proyecto, a la altura del aeropuerto, con lo que se ahorrarán 2 mil millones de pesos.
El último cambio, el pasado 17 de enero, fue que el Tren Maya ya no pasará por la carretera 307, de Cancún a Tulum, para así evitar afectaciones en el movimiento de población local y de turistas nacionales y extranjeros.
El nuevo trazo, de inicio, pasaría por terrenos paralelos a esta autopista, pertenecientes a hoteleras y para lo cual Fonatur debería expropiar 198 predios y pagar alrededor de mil millones de pesos; aunque para el día 19 se dijo que se harían estudios topográficos para un nuevo trazo.
El número de estaciones no se salvó de estos cambios; al inicio se planteó que fueran 11, entre ellas Tenosique, Tabasco; Calakmul y Xpujil, Campeche y Cancún, pero luego del interés de comunidades subió a 22 estaciones y 11 paraderos, con lo que se tendrán 33 paradas.
Entre los nuevos lugares está el aeropuerto de Mérida, Teya, Xcaret, Tulum aeropuerto y aeropuerto de Chetumal.
Al inicio no se planteó que el tren fuera de doble vía; pero, la mitad del recorrido ya tiene este esquema, y casi 50 por ciento será eléctrico. Según los planes, en los tramos Mérida-Cancún-Chetumal, se usará un sistema dual de trenes híbridos y eléctricos.