El cerro Tzopiloatl (agua de zopilotes), en Nativitas, se parte en dos, y en su barranca (Tzopilotitlán, lugar de zopilotes) baja agua que llega a un depósito que, en 1631 le fue mostrado al indígena Diego Lázaro de San Francisco por el santo patrono de la Ciudad de los Ángeles: san Miguel Arcángel, pues detrás de un muro había un manantial. No a la primera, pero el obispo de Tlaxcala (de 1626 a 1638), cuya silla estaba en la Angelópolis, Gutierre Bernardo de Quirós, permitió ese año se venerara al arcángel ahí.
Tres veces apareció San Miguel en 1631: abril 25, en la madrugada del 7 al 8 de mayo y el 13 de noviembre. Por aquel entonces, desde 1561, se celebraba con boato, el 28 y especialmente el 29 de septiembre la fundación de la urbe angélica, cuya fecha oficial es el 16 de abril. No hay noticia de que la aparición del arcángel y el ser patrono de la Angelópolis tuvieran alguna relación.
A De Quirós, siguió Juan de Palafox: obtuvo de la corona española cédulas reales, y logró construir “un lujoso templo y hospedería” para el que ya era santuario, que tiene los escudos del de Navarra, nos recuerda Antonio Rubial García.
Palafox puso tanto interés en la aparición del arcángel, que mandó al bachiller Pedro Salmerón en 1643 recopilara toda la información al respecto, para que llevara el proceso en Roma; el encargado escribió una relación en 1645, nunca impresa, utilizada casi medio siglo después por el jesuita Francisco de Florencia para su historia de 1692, donde inventó que el primer obispo de Tlaxcala, Julián Garcés había soñado que ángeles le mostraban y trazaban el sitio de la urbe angélica.
Palafox se apegó de tal manera al santuario de Nativitas, que antes de salir hacia España en 1649, de donde no regresó, con miembros de su cabildo eclesiástico visitó el lugar que, más de 380 años después, recibe a miles de peregrinos, como los hasta 400 que, a caballo, salen desde Zacatlán hasta el Tzopiloatl, A 465 años de su inicio, ya nadie celebra el día de san Miguel como el de la fundación de la Ciudad de los Ángeles; algunos le recuerdan como santo patrono de la misma.