En octubre de 2017, el gobierno del Estado, encabezado por el gobernador Miguel Márquez Márquez pidió a la Cámara de Diputados iniciar un juicio de desafuero, que no procedió, contra la entonces diputada federal priista.
La denuncia penal derivó de una investigación de la Auditoría Superior del Estado de Guanajuato, que halló que entre 2013 y 2014 la ex alcaldesa y otros servidores públicos firmaron seis contratos de prestación de servicios con empresas que no realizaron los trabajos.
Algunos de los contratos contaban con datos irregulares de las proveedoras y otros para talleres que finalmente fueron ofrecidos por los mismos funcionarios de la administración.
La ahora Fiscalía del estado inició además, alrededor de una decena de carpetas de investigación contra Botello y otros funcionarios de la administración 2012-2015 por diversos delitos como desvío de recursos y peculado, las acusaciones se extendieron al ex tesorero Roberto Pesquera y al ex director de Movilidad, Amílcar López por posibles delitos; y daño al erario.