En Guanajuato, los candidatos y ahora autoridades electas de Morena se han convertido en el blanco principal de los ataques de grupos de la delincuencia organizada, registrándose cinco incidentes mayores desde que inició el proceso electoral en noviembre de 2023 hasta la fecha.
El más reciente fue el ataque armado en contra de Fernando Zárate Lomas de 21 años, hijo del alcalde electo de Comonfort, Gilberto Zárate Nieves, cuya situación de salud se reporta como grave y recibe atención médica tras recibir disparos en cuello y hombro, al ser atacado la tarde del 1 de septiembre en la comunidad de Empalme Escobedo.
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En el mismo incidente, perdió la vida como víctima colateral un hombre de 35 años identificado como Carlos Augusto 'N', quien viajaba junto a su hija de 9 años en otro vehículo,la menor también fue lesionada.
Previamente, el 24 de mayo de 2024 en Pénjamo asesinaron al padre y a la pareja de la alcaldesa electa por morena; Yozajamby Molina. En un ataque directo, sujetos armados le quitaron la vida a Carlos Gerado Molina Herrera, consejero estatal de Morena y papá de la alcaldesa electa, quien se encontraba con su yerno José Guadalupe al interior de un bar.
El 22 de mayo, en plena campaña, fue asesinado en un evento público Don Pedro Trejo, padre del morenista y actual alcalde electo de Tarimoro; Saúl Trejo. El padre del alcalde, se encontraba en la calle con Roberto Cabrera Lara, exfuncionario del gobierno municipal de Tarimoro y colaborador de la campaña, quien resultó herido y murió posteriormente en el hospital.
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Uno de los hechos más graves, que marcó a Guanajuato fue el asesinato de Gisela Gaytán el 1 de abril de 2024, asesinada a horas de haber arrancado su campaña con Morena para ser alcaldesa de Celaya. Fue a plena luz de día, en un recorrido por la comunidad de San Miguel Octopan, que sicarios a bordo de una motocicleta le arrebataron la vida.
El quinto incidente, se dio la noche del 2 de junio durante la jornada electoral donde en el municipio de Villagrán el entonces diputado federal Emanuel Reyes Carmona fue golpeado por integrantes de un grupo delictivo, cuando intervino para evitar la quema de material electoral en una casilla. Tras la elección, su esposa Cinthia Teniente logró el triunfo como alcaldesa de dicho municipio.