En la víspera de la elección de 2006, rompió con el PRI de Roberto Madrazo y del brazo de Elba Esther Gordillo selló su alianza con Felipe Calderón quien lo hizo director del ISSSTE, pero también lo fichó oficialmente para la causa panista.
Miguel Ángel Yunes Linares, de vieja militancia priista, había gravitado en el panismo desde el sexenio de Vicente Fox como parte del grupo de la líder magisterial, en el último tramo del sexenio de Ernesto Zedillo, de la mano de Diódoro Carrasco fue funcionario de seguridad y coordinador de asesores en la dependencia donde se creó la Secretaría de Seguridad Pública.
De Santiago Creel a 'La Maestra'
A la llegada de Santiago Creel al Palacio de Cobián, brincó a la subsecretaría de seguridad y a la titularidad del Sistema Nacional de Seguridad Pública a finales del mandato de Fox cuando el titular era Eduardo Medina Mora, quien entregó la dependencia a la siguiente administración en manos de Genaro García Luna.
Pero Yunes Linares rompió en 2010 con Elba Esther Gordillo a quien acusó de exigirle millones de pesos mensuales para financiar a su partido Nueva Alianza.
El veracruzano siguió en el PAN y ante la debacle de Javier Duarte y su encarcelación, se lanzó por una minigubernatura que ganó y que ejerció duramente, pero que su hijo Miguel Ángel Yunes Márquez no pudo retener en 2018 al perder la elección por un puñado de votos ante el hoy gobernador Cuitláhuac García.
Pero la dinastía Yunes que se había dividido entre panistas y priistas pactó una tregua tratando de evitar una nueva derrota en 2024 y Yunes Linares, así como su hijos Miguel Ángel y Fernando, se hicieron a un lado para permitir que el priista José Yunes fuera el candidato a la gubernatura de Veracruz y, a cambio, a los Yunes panistas les correspondería el espacio de Veracruz en el Senado. Yunes Márquez el propietario del escaño y Yunes Linares el suplente. Se le endosó ese preciado espacio panista a los Yunes de Veracruz.
Controversias y exilio de Veracruz
Esos Yunes panistas ya tenían pleito cantado con Javier Duarte, con Cuitláhuac García y ahora con Rocío Nahle, pues a la luz de las denuncias del empresario Arturo Castagne, con la nueva gobernadora la opción era el exilio pues se les identifica como quienes proveían supuesta información contra la entonces candidata morenista.
A esos Yunes panistas les urgía el fuero. La propia Unidad de Inteligencia Financiera presentó dos denuncias contra Yunes Linares ante la Fiscalía General de la República, presuntamente por malos manejos patrimoniales en el ISSSTE en el sexenio calderonista, mientras que Miguel Ángel Yunes Márquez fue acusado de falsificar documentos para justificar su residencia y de esa manera convertirse en alcalde de Boca del Río, mientras su hermano Fernando fue acusado de delitos electorales por intervenir como edil de Veracruz en un acto de campaña por la alcaldía, que finalmente gobernó su cuñada Patricia Lobeira, esposa de Miguel Ángel.
Último registro ocular de Yunes
La última vez que se le vio al legislador que rindió protesta, tomaba el micrófono y junto a sus 21 compañeros de bancada decía:
“Soy Miguel Ángel Yunes Márquez, senador por Veracruz, estaré presente en la sesión y votaré en contra de la reforma al Poder Judicial”.
Desde este lunes dejó en visto todos los mensajes de sus compañeros que desesperadamente buscaban que se mantuviera en lo dicho, cuando desde el fin de semana cundió la versión de que era el “judas” de la de por sí disminuida oposición en el Senado, el voto de oro que se inclinaba por la causa morenista de la reforma judical propuesta por el Presidente López Obrador.