El protocolo tiene como finalidad el fortalecimiento y la coordinación interinstitucional para la atención de los diversos tipos de violencia que viven las mujeres.

Será un órgano asesor y promotor del Instituto, a fin de desarrollar estrategias efectivas, proyectos y programas para garantizar el respeto a los Derechos Humanos e igualdad entre las féminas.