Thompson terminó con 35 puntos para comandar la ofensiva de los campeones defensores, seguido por Stephen Curry con 29 y Kevin Durant con 23.
Draymond Green lo hizo con 10 rebotes y nueve asistencias.
El próximo y último partido de esta serie a siete encuentros será el lunes en Houston.
Los Rockets, apoyados una vez más en su astro anotador James Harden, salieron agresivos desde el primer momento para irse arriba 39-22 en el primer cuarto.
Harden, líder anotador de la temporada regular, se desbordó en ese tramo con 15 puntos, seis de ellos en el último minuto de ese parcial. Luego incrementó su producción a 22 puntos y su equipo llegó al medio tiempo con ventaja de 61-51.
Durant y Thompson se lucieron con 14 tantos cada uno por los campeones defensores para reducir la ventaja del conjunto texano en el intermedio.
Los Warriors levantaron presión en su juego y al comenzar el tercer cuarto alcanzaron a los Rockets por primera vez en el juego con pizarra 66-66.
Después, Thompson puso a los Warriors al frente con un triple tras asistencia de Green 76-74.
En el último cuarto, los Warriors ampliaron su ventaja tras una ofensiva de 17-2 y se pusieron al frente de forma cómoda 101-79 cuando faltaban seis minutos para terminar el juego.
Por los Rockets, el hombre de la puntería fue Harden con 32 puntos, seguido de Eric Gordon con 19 tantos.
Houston trata de cerrarle el camino a los Warriors, pero con la ausencia de su armador Chris Paul, ahora lesionado, se hace un poco difícil esa tarea.
Los Rockets quedaron con balance de 15-9 sin Paul en la alineación titular durante la temporada regular.
Por su lado, desde que Steve Kerr asumió como entrenador en 2015 los Warriors están 37-6 en casa en la postemporada, incluida una racha de 16 victorias consecutivas en la NBA que se rompió con su derrota por 95-92 en el Juego 4 ante los Rockets.
Los Rockets buscan reservar un lugar en las Finales de la NBA por primera vez desde que ganaron el segundo título consecutivo de la Liga en la temporada 1994-95.