Después de que Grupo Modelo recuperó completamente la administración de Santos Laguna tras la crisis de 2004, llegó a la Comarca Lagunera un personaje que cambiaría al Club y su modo de operar, siendo un parte aguas en la historia.
Alejandro Irarragorri Gutiérrez, vicepresidente Deportivo de Grupo Modelo, asumió la presidencia del equipo, mismo cargo que ostentaba con los clubes de beisbol Yaquis de Ciudad Obregón y Venados de Mazatlán, además de ser presidente del Maratón Pacífico Mazatlán, Triatlón Pacífico Mazatlán y Maratón Corona Querétaro.
En 2006 llegó a la Comarca como Director Deportivo, luego se hizo cargo del proyecto deportivo y social que se propuso a Grupo Modelo para el Club y fue nombrado presidente del Consejo de Administración del equipo.
Su labor en el conjunto de la Comarca se centró en la estabilización del Club en la parte administrativa y también en lo deportivo, ya que luego de ser intervenido el equipo por las autoridades, la plantilla había disminuido en calidad.
Para recuperar el protagonismo en el futbol mexicano, Irarragorri reforzó la plantilla y recurrió a jugadores de renombre para garantizar resultados.
Así fue como llegó Oswaldo Sánchez a la portería, quien acababa de ser campeón con Chivas, además de Juan Pablo 'Chato' Rodríguez, Iván Estrada, Daniel Ludueña, entre otros elementos que provocaran que las miradas voltearan a La Laguna.
En 2007 logró la permanencia en Primera División en el torneo Clausura, justo en la fecha 17 tras derrotar 2-0 a Cruz Azul con anotaciones de Oribe Peralta y Agustín Herrera.
Para el Clausura 2007 el equipo se fue a la cima y logró terminar por primera vez en su historia en e liderato general, al tiempo que se presentaba el proyecto para la construcción de Territorio Santos Modelo, la nueva casa albiverde.
Irarragorri hizo las gestiones necesarias, se apoyó en empresas laguneras sólidas como Lala, Peñoles y Soriana, además del Gobierno de Coahuila, para hacer posible el sueño de miles de laguneros.
En 2008, de la mano del técnico Daniel Guzmán, Santos Laguna obtuvo el tercer campeonato de su historia jugando en el Estadio Corona, con un equipo sólido, que en 2009 estrenó casa al ser inaugurado el Territorio Santos Modelo.
En el Clausura 2012, los laguneros obtuvieron el título ante Rayados, con Benjamín Galindo en la dirección técnica.
Grupo Orlegi asume el control
Tras la venta de Grupo Modelo a la empresa belga-brasileña AB InBev, el 8 de agosto de 2013 se dio a conocer la venta del club, que pasó a manos de Orlegi Deportes, una empresa liderada por Alejandro Irarragorri y varios accionistas mexicanos.
Grupo Modelo se mantuvo como principal patrocinador del Club, Santos regresó a la Copa Libertadores 2014.
Con Pedro Caixinha en el timón, Santos ganó la Copa MX tras vencer en penales por 4-2 a Puebla y en el Torneo Clausura 2015 llegó a la final después de un ausencia de tres años, donde se impuso al Querétaro con un global de 5-3.
El título más reciente, el del Clausura 2018, con Robert Dante Siboldi, Santos se impuso a Toluca para conseguir su sexta estrella.