Luego de anunciar su retiro como futbolista profesional, Juninho permaneció en Tigres, ahora dentro del cuerpo técnico.
El conjunto felino anunció a través de su cuenta de Twitter que el brasileño se integró al cuerpo técnico de Ricardo Ferreti al arranque del Clausura 2019 y mostraron una foto de Juninho durante un entrenamiento con los de la UANL.
Con el conjunto de Tigres, Juninho consagró el título de la Liga MX en 2011, 2015, 2016 y 2017, la Copa MX en 2014 y el Campeón de Campeones 2016, 2017 y 2018.